Esta propuesta educativa nació por iniciativa de un grupo de padres y trabajadores de la Empresa ASTRA, preocupados por garantizar la continuidad educativa en la comunidad de Caleta Olivia. Motivados por la defensa de uno de los derechos fundamentales de los niños y niñas —el derecho a la educación—, decidieron impulsar este proyecto escolar.
El Instituto Aonikenk fue el primer establecimiento privado de enseñanza primaria en la ciudad, incorporando además un Jardín de Infantes anexo, ambos reconocidos oficialmente.
El edificio actual, ubicado en la intersección de las calles José Hernández y Cabildo, fue construido por la Empresa ASTRA e inaugurado el 27 de julio de 1992. Con esa ampliación se incorporó también el Nivel Secundario, cuya primera Rectora fue la Prof. Julia Corrales.

De esta manera, la enseñanza de este campo del conocimiento contribuye al desarrollo del pensamiento crítico y realiza un aporte sustancial a los objetivos generales del último ciclo del Nivel Primario, fortaleciendo la formación integral de los estudiantes.